בישראל מעריכים שהמחבלים לא קיבלו הנחייה מדרג בכיר לרצוח את ששת החטופים וכי מחבלי החמאס פעלו בהתאם לעקרונות כלליים שהונחו מראש, או שהפעילו שיקול דעת עצמי, וירו בחטופים הירש גולדברג - פולין, אורי דנינו, עדן ירושלמי, כרמל גת, אלמוג סרוסי ואלכס לובנוב הי"ד.
רועי שרון דיווח ב'כאן חדשות', כי באמצעות אמצעי טכנולוגי שהוכנס לסריקות במנהרה על ידי אוגדות צה"ל, זוהו גופות החטופים כשהם זה לצד זה. בתחילת התמרון, אותם המחבלים זיהו את הלוחמים, ולכן דילגו עם החטופים למסתור אחר. עם זאת, כשהגיעו לרפיח לא הייתה להם האפשרות לברוח מכוחות צה"ל שנפרסו באזור.
המחבלים החליטו לברוח בלי החטופים, הוציאו אותם להורג ונמלטו. לפי המכון לרפואה משפטית, החטופים נרצחו ממספר יריות בין יום חמישי ליום שישי לפנות בוקר. בצה"ל לא ידעו שיש חטופים בקרבת אזור הפעילות, אחד המתחמים הבנויים ברפיח.
